W 1938 r. władze miejskie oddały do użytku szkoły część budynku przy ul. Konarskiego 17, gdzie do dziś znajduje się jej siedziba. Od września 1939 roku szkoła zaczęła swoją tułaczkę po rożnych miejscach. W budynku początkowo przebywało wojsko niemieckie, potem zorganizowano szpital. Następnie stał się on siedzibą hitlerowskiej katowni – miejscem tortur i kaźni wielu aresztowanych mieszkańców.
Budynek został zajęty przez oddział SS. W następnych dniach (do 10 lutego) Niemcy aresztowali w Skarżysku około 420 osób. Wśród aresztowanych byli ludzie z różnych środowisk i grup społecznych: robotnicy z zakładów metalowych, kolejarze, przedstawiciele inteligencji, duchowieństwo, przedsiębiorcy oraz burmistrz miasta wraz ze swoim zastępcą. Wśród aresztowanych było kilkudziesięciu harcerzy, oraz członków "Sokoła" i "Strzelca". Podczas przesłuchań więźniowie byli torturowani. Od 2 lutego działał w szkole sąd policyjny złożony z trzech oficerów SS, którzy w błyskawicznych procesach wydawali wyroki śmierci. Spośród zatrzymanych około 360 osób zostało rozstrzelanych w lesie na Borze w dniach 12-14 lutego 1940. Pozostali więźniowie (61 osób) zostali wywiezieni do więzienia w Radomiu, gdzie 29 z nich zostało rozstrzelanych. Zwolniono dwudziestu więźniów, a resztę wywieziono do obozów koncentracyjnych lub innych więzień.
Szkoła została ponownie zajęta przez Niemców, którzy przeprowadzili kolejną falę aresztowań w Skarżysku, ale większość osadzonych stanowili więźniowie przywiezieni z innych kieleckich powiatów. Przez prawie cały czerwiec zwożono, przesłuchiwano i torturowano więźniów. Od 29 czerwca 1940, Niemcy przewozili więźniów do lasu na Brzasku, gdzie byli rozstrzeliwani i grzebani w wykopanym wcześniej dole. Zamordowano ok. 760 osób, a około 40 więźniów wywieziono do więzienia w Radomiu.
Dziś w budynku szkoły funkcjonuje izba pamięci w dawnym pomieszczeniu wartowni więziennej z 1940 roku. Część sal w podziemiach i na parterze była zamieniona na cele więzienne. Więźniowie przetrzymywani byli w obecnych pomieszczeniach jadalni, kuchni, świetlicy, magazynów, łazienki. Na pierwszym piętrze za cele służyły dzisiejsze sale lekcyjne nr 42, 46 i 48. Obecna mała sala gimnastyczna była celą śmierci.
