Michniów od początku okupacji niemieckiej był miejscem gdzie działały silne struktury Polskiego Państwa Podziemnego. Z czasem uformował się tu pluton AK liczący 40-tu żołnierzy. Jego dowódcą był Władysław Krogulec, a zastępcą Franciszek Brzeziński.
Z informacji uzyskanych od swoich agentów: Twardowskiego z Orzechówki oraz volksdeutscha Jekla z Zagnańska (leśniczego, który w nocy z 11 na 12 lipca poprowadził Niemców leśnymi drogami na Michniów) Niemcy przygotowali imienne listy mieszkańców wioski związanych z konspiracją. Niewątpliwie w ostatnim okresie swoje raporty o Michniowie przedstawiał tez okupantom Jerzy Wojnowski "Motor", oficer Zgrupowania Partyzanckiego Jana Piwnika "Ponury", który był jednocześnie niemieckim agentem.
Ostatecznym pretekstem do przeprowadzenia pacyfikacji były uderzenia oddziałów "Ponurego" w niemiecki transport. 8 lipca 1943 r. na naradzie w Radomiu omówiono szczegóły operacji.
12 lipca 1943 niemiecka ekspedycja karna częściowo spaliła wieś i zamordowała ponad 100 mieszkańców. W odwecie jeszcze tej samej nocy żołnierze Jana Piwnika „Ponurego” zaatakowali w rejonie Podłazia pociąg pośpieszny relacji Kraków–Warszawa, zabijając lub raniąc co najmniej kilkunastu Niemców.
Następnego dnia niemieccy policjanci powrócili do Michniowa, doszczętnie paląc wieś i mordując niemal wszystkich przebywających tam Polaków. Łącznie ofiarą dokonanej w Michniowie masakry padły co najmniej 204 osoby, w tym 54 kobiety i 48 dzieci. Okupacyjne władze zakazały odbudowy wsi i uprawy okolicznych pól.
Na zdjęciu: Niemieccy policjanci w płonącym Michniowie, 12 lipca 1943 r.
